St. Nikolaus in Issing hat beim ersten Anblick alle Merkmale des gotischen Baustils aufzuweisen. Wer einen Blick ins Innere wirft, wird feststellen können, wie rohe Hände die Kirche entgotisiert und zu einem derben Barockraum umgestaltet haben.

Von der ursprünglichen Kapelle sind noch die Langmauern erhalten.

Um 1519 wurden die Langmauern eingewölbt und der vierseitig abschließende Chor mit dem Spitzturm neugebaut.

Im 18. Jh. entgotisierte man die Kirche. Das Innere trägt barocke Züge. Der Hochaltar mit Säulenaufbau und Seitentüren, Bildern, auf denen der Kirchenpatron St. Nikolaus und die Diözesanpatrone St. Ingenuin und Albuin abgebildet sind, und Statuen, die wiederum die Heiligen Nikolaus, Bartholomäus, Rochus und den Abt Antonius darstellen, ist in der Mitte des 18. Jh. errichtet worden. Beachtung findet auch der Weihwasserstein und ein Kruzifix mit wahrhaft schrecklichen Wunden. 1974 legte man den Gewölbeschlussstein mit dem Brustbild eines Engels frei. Er wird nach urkundlicher Bezeugung dem großen Maler und Bildhauer der Gotik Michael Pacher zugeschrieben.